到九月中，晋阳朝廷逐渐恢复正常运作。
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朝廷稳下来后，长公主开始把所有精力投到了晋阳谋反案上。
长公主命令大司空刘和、太常荀攸、廷尉张邈、尚书左仆射朱穆、代御史中丞臧洪、司隶校尉吕布六位大臣同堂审理，务求早日审结此案。
此时，晋阳发生的事情已经陆续传到各地，河北诸郡有些人心惶惶了，而关东袁绍、兖州曹操、青州田楷、徐州刘备等各地州郡大吏也纷纷派遣使臣赶到晋阳打探消息。
尤为严重的是，晋阳朝廷的大臣们经过多次合议后，竟然向天子和长公主提交了修改刑律的奏议。
这一举动，顿时激怒了长公主。
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大臣们认为大汉律在某些方面过于严酷，制约和束缚了中兴大业的推动，应该本着“隆礼重法、约法省刑”的宗旨，大力修改名目繁多而严密苛酷的刑律，极力推行“春秋决狱”。
《春秋》是孔子晚年修订的一部编年史，是社会大动荡时期的产物，是为稳定固有的君臣、父子、夫妇之道，挽救礼崩乐坏，维护尊尊、亲亲男女有别的礼制而作的。
本朝孝武皇帝“独尊儒术”，儒学士子开始步入朝堂，并逐渐以儒家思想修正本朝的立法思想，全面引“礼”入“律”，儒家学说便通过各种途径渗透了律法。当“经义”与“律法”产生冲突时，当审判疑难案件时，官吏们便以儒家思想和儒家经典为指导，特别是用《春秋》作为分析案情、认定犯罪的根据，解释和适用法律。“经义”和“律法”由此开始走向融合。这就是所谓的“春秋决狱”，又称“引经断狱”。
春秋决狱最基本的原则是“原心定罪”。
《春秋》特别强调礼的作用和规范，重视支配行为的动机是否符合礼的道德准则，强调“礼禁于未然之前”，也就是说，你的行为只要符合春秋中的“微言大义”，即所谓的“志善”，即使是违法，也可以从轻处罚。相反，如果犯罪人主观动机严重违反了儒家倡导的“忠”、“孝”精神，即使没有造成严重危害后果的，也要认定为犯罪，并予以严惩。
春秋决狱还有一个重要原则，便是“亲亲”、“尊尊”。
“亲亲得相首匿”是指亲属之间有罪应当互相隐瞒，不告发和不作证的不认为是犯罪，反之要定罪，这是本朝用儒家学说补充律法的一个重要依据。
但本朝律法又规定，对于谋反、谋大逆、谋叛及其它某些重罪，直接侵犯皇权，或严重破坏社稷安全的，规定亲属有义务告发、作证。所谓“君亲无将，将而诛焉”便是指臣对君、子对父不能冒犯、忤逆、甚至作乱，即使只有犯上作乱的想法而没有真正付诸行动，也是大逆不道的犯罪，即使是皇亲国戚触犯这条原则，也要依法处置。
大臣们此时推出修改刑律的奏议，其目的非常简单，利用春秋决狱的优势，大事化小，小事花了。
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此次晋阳谋反案经过长时间的审理后，最后认定其主要诛杀对象是大将军，如此一来，所牵涉此事案犯的范围将大大缩小，适用刑罚也将大大减轻。
晋阳谋反案的起因是天子要嫁长公主，意图夺回权柄，确实没有谋反一事，这一点包括北疆众多文武大臣心里都有算，这纯粹就是一个冤案，然而，长公主铁了心要铲除所有可能危害到大将军安全、危害到河北稳定的所有不利因素，所以这场冤案被扩大化了。
大臣们认为，现在长公主的目的已经达到，河北很多重臣和几乎所有长安旧臣都被赶出了朝堂，所有可能危害到大将军安全、危害到河北稳定的不利因素都已不存在了，再血腥杀戮就没有任何意义，所以大臣们从维护天子威仪、稳定晋阳朝廷和稳定河北士人，避免河北局势走向恶化这个角度出发，选择了一条稳妥之计。
但是，长公主的反应大大出乎大臣们的预料。
长公主请出了晋阳大学堂祭酒王剪先生在朝堂上公开讲授王符先生的《潜夫论》。又以八百里快骑请到邯郸大学堂祭酒郑玄先生讲授荀子“隆礼重法”的精义。
九月下，长公主在朝堂上公开宣称，大汉刑律的确要改，但不是“隆礼”，而是“重法”，春秋决狱不是要极力推行，而是要逐渐废弃，要“依法治国”。
“无法何以立国？”长公主大声质问众臣，“弑君要灭九族，诛杀朝廷重臣反而无罪，这也叫刑律？大将军不是忠臣，那袁绍是不是忠臣？你们说谁是忠臣，谁就是忠臣，那还要律法干什么？你们一张嘴就可以治国？既然你们的嘴可以决定谁忠谁奸，那大汉为什么会陷入败亡的深渊？谁能告诉我答案？”
九月底，长公主断然下令，以谋叛罪诛杀董承、士孙瑞、王柔、杨琦、冯硕、杨密等二十八位涉案大臣。董贵妃被下诏赐死。
同日，大司空刘和等六位大臣赶到龙泉覆命，并呈奏赦免人员，其中包括国戚伏完、原大司徒张温等河北大吏，淳于嘉、赵温、贾诩、钟繇、张绣等长安旧臣，王、马、崔等家族其它涉案人员。
长公主断然拒绝，“给我再查，此事如果在十月底不能全部查清，你们六个去廷尉府大牢待着，不要再来见我。”
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